Ջրային ռեսուրսների օգտագործումը ՀՀ-ում նույնպես առաջացնում է որոշակի գեոէկոլոգիական հետևանքներ: Դրանցից են ջրային պաշարների քանական և որական սպառումը (Սևանա լիճ), երկրոդային աղակալումը` արտեզյան ավազանի օգտագործումից, գետերի ջերմային աղտոտումը ՋրԷկ-ների գործարկման հետևանքով: Ջրէկ-ները նաև ազդում են գետերի կեսնսաբազմազանության վրա` նվազեցնելով դրա տեսակային և քանակական կազմը: ՀՀ-ում գետերի աղոտոտվում են ոչ միայն արդյունաբերական, այլ նաև կենցաղային թափոններով: Ընդ որում կենցաղային թափոններով աղտոտման աշխարհագրությունն ավելի մեծ է:Միաժամանակ ՀՀ գետերը աղտոտվում են միջին և ստորին հոսաքներում: Ջրօգտագործման ոլորտում առանձնահուտկ հիմնախնդիր է հանդիսանում Սևանա լճի հիմնախնդիրը: Նյութի աղբյուրը`։Սևանա լճի հիմնախնդիրը: Սևանա լիճը ՀՀ քաղցրահամ ջրի ամենամեծ պաշարն է: Լճի մեկ լիտրում պարունակվում է 0.7 գրամ աղ: Լիճն ունի տեկտոնահրաբխային ծագում: Գտվում է ծովի մակարդակից մոտ 1900 մ բացարձակ բարձրության վրա: Լճի հայելու մակերեսը 1250 քկմ, է ծավալը 34 մլրդ խմ (54 մլրդ խմ մինչև մակարդակի իջեցումը): Սևան է թափվում 28 գետ ու գետակ և դուրս է գալիս միայն Հրազդանը: Բաղկացած է երկու մասից` Մեծ և Փոքր Սևաններից: Լճի առավելագույն խորությունը մոտ 81 մ է, որը գտնվում է Փոքր Սևանում: «Սևանի հիմնախնդիր» հասկացությունը գիտական շրջանառության մեջ է դրվել 20-րդ դարասկզբին, երբ ակնհայտ էին դարձել Սևանի դարավոր ջրային պաշարների օգտագործման հնարավորթյունները:Սկսզբում հիմնախնդիրը քննարկվում էր զուտ ոռոգչական հնարավորություների տեսանկյունից առանց խախտելու լճի հոսքի բնական ռեժիմը: 1910-ական թթ. սկսած նրան սկզբունքային նոր բովանդակություն է հաղորդվում: Հիմնավորվում է Սևանի օգտագործումը համալիր` ոռոգման և էլեկտրաէներգիայի արտադրության տեսանկյունից` իջեցնելով ջրի մակարդակը և կրճատելով գոլորշացման մակերեսը: 1920-ականներին մշակվեց լճի օգտագործման տեխնիկական նախագիծ: Մշակված և հաստատված սխեման հայտնի դարձավ «Սևան-Հրազդան ոռոգչա-էներգետիկական համալիր» անունով: Նախատեսվում էր նախագիծն իրականացնել երկու փուլով: Առաջին փուլում, որը պետք է տևեր 50 տարի, ավարտվելու էր լճի մակարդակի արհեստական իջեցումը, որն իջնելու էր 50 մ-ով, իսկ ջրային հայելու մակերեսը կրճատվելու էր 7 անգամ (Մեծ Սևանը չորանալու էր լիովին): Երկրորդ փուլում դադարում էր ջրի դարավոր պաշարների օգտագործումը և հաստատվում է լճի նոր, կայուն ջրային հաշվեկշիռը` 700 մլն խմ արտահոսքով: Ավարտվելու էր Հրազդան գետի վրա էկլեկտրակայանների կասկադի և գետից սկզիբ առնող ջրանցքների կառուցումը: Շատ բարձր էր սխեմայի իրականացման տնտեսական արդյունավետությունը: Արարատյան դաշտի և նախալեռնային շրջանների ոռոգելի հողատարածություններն ավելանում էին մոտ 100 հազ. հա-ով: Հայաստանը ստանում է տարեկան ավելի քան 2մլրդ կվտ/ժ էլեկտրաէներգիա: Սխեմայի հաշվարկային ցուցանիշներն այնքան բարձր էին, որ փորձագետները Սևան-Հրազդան համալիրը գնահատեցին որպես «խորհրդային էնետգետիկայի մարգարտահատիկ։Այդ ամենով հանդերձ այն ժամանակ դեռևս ուրվագծվում էին բնական միջավայրի համար սխեմայի իրականացման հնարավոր բացասական հետևանքները: Ակնհայտ էր, որ լճի բնական ռեժիմի փոփոխությունը հանգեցնելու է լճի և նրա ավազանի էկոլոգիական հավասակաշռության խախտման:Նախատեսվում է սխեմայի էներգետիկական մասի, այսինքն Հրազդանի ջրաէլեկտրակայանների կասկադի շինարարությունն ավարտել 13-14 տարում` 1933-47 թթ., սակայն 2-րդ Համաշխարհային պատերազմը խանգարեց դրան: Շինարարությունն ավարտվեց 1962 թ։Խախտվեցին նաև ոռոգիչ ջրանցքների և ոռոգովի տարածքների յուրացման ժամկետները: Որոշվեց դադարեցնել ջրի դարավոր պաշարների օգտագործումը և ջրի մակարդակը պահպանել բնականին մոտ վիճակում: Պարզվեց, որ լճի մակարդակի իջեցումը կարելի է դադարեցնել 1896 մ բացարձակ բարձրության վրա, այսինքն բնական վիճակից 19-20 մ ցած: Դա նշանակում էր, որ Սևանը կարող էր տալ 170 մլն խմ ջուր, որը չէր կարողանա ապահովել ոչ Ջրէկ-ների աշխատանքը, ոչ էլ ոռոգման համար անհրաժեշտ ջրի ծավալը: Որոշվեց Սևան ուղղել հարակից գետերի հոսքի մի մասը, օգտագործել Արարատյան դաշտի արտեզյան ավազանի հնարավորությունները, կառուցել նոր ջրամբարներ, իսկ էլեկտրաէնեգիայի պակասը լրացնել նոր կառուցվող ՋԷԿ-երի հաշվին: